Kościół parafialny pw. Przenajświętszej Trójcy w Bobrku jest zlokalizowany w północnej części wsi, około 2 km od jej centrum.
Obiekt znajduje się w zespole kościelno-plebańsko-cmentarnym usytuowanym w znacznym oddaleniu od zabudowań wiejskich przy skrzyżowaniu drogi Chełmek-Bobrek-Gromiec z drogą Oświęcim-Chrzanów.